Elterjedése Európában a kontinens középső és déli részére koncentrálódik. Hazánkban főként hegyvidékeken találjuk, de az Alföld keleti peremén is több kolóniája ismert. Legnagyobb közösségei Északkelet-Magyarországon vannak.

Gyűrűzési eredmények alapján helyben maradó faj, nyári és téli szálláshelye között rövid távolságot tesz meg; jelenlegi repülési rekordja mindössze 106 km. Érdekes kérdés, hogy hová tűnnek télen a hazai állatok, Magyarországon ugyanis csak néhány telelő csonkafülű denevérrel lehet találkozni. Feltételezhetően Szlovákiába vonul többségük, de az itt ismert téli állományok is kicsik, így a válaszhoz további vizsgálatok szükségesek.

A csonkafülű denevér nagyon sérülékeny faj, az európai országok többségében erősen megfogyatkoztak állományai, számos országból teljesen eltűnt. A csökkenés fő oka a nyári búvóhelyül szolgáló padlások átépítése, illetve mérgező fakezelő szerek használata. Hazai eredmények alapján úgy tűnik, hogy különösen rosszul viseli a szálláshelyek túlmelegedését, ami a faj jövőjét tekintve nagyon aggasztó, hiszen a klímaváltozás miatt egyre gyakoribbak a hőhullámok. Sérülékenységét fokozza, hogy nagyméretű kolóniákat képez, így egy-egy károsító esemény egyszerre sok állatot érint.

A megmaradt kolóniák megőrzéséhez azonnali és hatékony intézkedések szükségesek. Ennek egyik módja a szállásépületek rendszeres takarítása, mely számottevően csökkenti a denevérek jelenlétéből adódó konfliktushelyzetek kialakulásának lehetőségét.

Ha a kezelésében álló épületben csonkafülű – vagy bármilyen más – denevérek telepedtek meg, és a védett állatokkal kapcsolatban kérdése van vagy segítségre szorul, mindig forduljon szakemberekhez! A rosszul megválasztott módszerek könnyen az állatok sérülését, pusztulását okozhatják!